Francisco Díaz, fue gobernador de la provincia de San Juan en dos periodos, el primero fue entre 1855 y 1857, el segundo entre 1861 y 1862. La polémica se instauró cuando el mandatario se opuso a que la Iglesia interviniera en los asuntos del Estado. 

Francisco Díaz gobernó desde el 11 de enero de 1855 hasta el 18 de marzo de 1857, quien a través de elecciones generales llegó a la gobernación luego de la renuncia de Nazario Benavidez. De esta manera, durante el primer periodo estuvo fuertemente enemistado con la iglesia local y la influencia en los temas del Estado. 

Luego de la muerte del Obispo local José Manuel Quiroga Sarmiento en el año 1852, San Juan no contaba con obispo. Por lo tanto, Timoteo Maradona, se autoproclamó obispo, quien en realidad era el sucesor de Quiroga. Maradona con influencia Unitaria y Díaz, Federal. Fue aquí cuando se desencadenó el conflicto.   

En torno a esto, en el año 1855, lo primero que hace Francisco Díaz como gobernador es desconocer la figura del obispo. Maradona es apresado y enviado a Paraná, en ese tiempo capital de la Confederación Argentina.

Como segundad medida, Díaz pide que le rindan cuenta por lo que solicita la presentación de los balances. Además, unos terrenos de la iglesia son expropiados y en su lugar se construye una Escuela pública para hombres. 

Francisco Díaz tuvo un rol importante en la construcción de San Juan, en 1856 crea la primera Constitución Provincial y además omite la frase, "Dios es juez y razón de todo lo que ocurre en el territorio argentino" plasmado en el Preámbulo de la Constitución Nacional. Esta situación es la que lleva a que a Díaz le queden contados los días como gobernador debido a la gran influencia de la Iglesia en aquellas épocas.  

Entre los actos más importantes que llevó adelante siendo el gobernador de San Juan, el ex mandatario restituyó la Corte de Justicia de la provincia, ordenó el Poder Judicial. Y además, reconoció constitucionalmente los primeros Municipios de San Juan, otorgándoles la autonomía. 

El final de su primer mandato fue el 18 de marzo de 1857 cuando Nazario Benavidez lo derroca y nuevamente asume como gobernador de San Juan. 

La segunda gobernación de Francisco Díaz comenzó luego del asesinato de Benavidez el 1 de marzo de 1861 y duró hasta el 3 de febrero de 1862. Por su parte, como mandatario reconoce los feriados de Semana Santa, además la Iglesia quedó a cargo de la Educación, Díaz los nombró como los encargados de crear los contenidos de las escuelas públicas, en ese entonces eran solo tres escuelas. También, fue quién le redujo horas de trabajo a los empleados públicos. 

Finalmente, tras la derrota de la Confederación Argentina en el año 1862, Francisco Díaz tomó la decisión de renunciar y retirarse de la provincia.  El cargo de gobernador fue sucedido por Domingo Faustino Sarmiento.